व़र्ष 1957 में गोरखपुर विश्वविद्यालय की स्थापना के पश्चात वर्ष 1958 में विज्ञान संकाय में पठन पाठन का कार्य आरम्भ हुआ। प्रारम्भ में इस संकाय के अन्तर्गत भौतिक विज्ञान, रसायनशास्त्र, वनस्पति विज्ञान, प्राणि विज्ञान तथा गणित विभाग में स्नातक तथा स्नातकोत्तर कक्षाएं एवं रक्षा अध्ययन विभाग में केवल स्नातक स्तर पर कक्षायें संचलित हुई।
विज्ञान संकाय के अन्तर्गत भौतिक विज्ञान, इलेक्ट्रानिक्स विभाग, कम्प्यूटर विभाग, गणित एवं सांख्यिकी विभाग मजीठिया भवन में, प्राणि विज्ञान, रसायनशास्त्र एवं वनस्पति विज्ञान विभाग पन्त भवन में स्थित है। रक्षा अध्ययन विभाग, ग़ह विज्ञान विभाग एवं जैव प्रौद्वोगिकी विभाग के अपने भवन है।
विज्ञान संकाय के अन्तर्गत विभाग -
1- रक्षा अध्ययन विभाग
2- रसायन विभाग
3- भौतिकी विभाग
4- इलेक्ट्रानिक्स विभग
5- कम्प्यूटर विज्ञान विभाग
6- गणित एवं सांख्यिकी विभाग
7- प्राणि विज्ञान विभाग
8- वनस्पति विज्ञान विभाग
9- जैव प्रौद्योगिकी विभाग
10- ग़हविज्ञान विभाग
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